با توجه به آنچه در کتاب مرآت البلدان آمده است، بناي اوليه اين مسجد منسوب به عمر بن عبد العزيز خليفه هشتم اموي است که دوران خلافتش از سال 99 تا 101 هجري قمري بوده است.سمت چپ منبرِ منبت کاري شده و در قسمت فوقاني آن کتيبه اي به تاريخ 711 هجري قمري موجود است که قديمترين تاريخ ثبت شده در بنا است.کتيبه در چوبي مسجد ، تاريخ 784 هجري قمري را نشان مي دهد و بر ديوار و ستونهاي شبستان جنوبي،چند سنگ مزار وجود دارد که يکي از آنها به تاريخ 784 هجري قمري است. اس.فلاري در کتاب مسجد جامع نائين اين مسجد را از آثار نيمه دومِ قرن سوم هجري قمري دانسته است.او تزيينات مسجد را با تزيينات چند بناي دوره عباسيان مقايسه کرده و وجود اين تزيينات را نشان دهنده يک مرحله پيشرفت در تاريخ هنر اسلامي دانسته است.مسجد جامع نائين از معدود مساجد اوليه شبستاني است که کمتر دستخوش تغيير و تحول قرار گرفته و صورت اوليه خود را تا به امروز حفظ کرده است.اين مسجد شامل صحن و شبستان هايي در سه جبهه آن و رواقي در جبهه مقابل قبله بوده است.مسجد شش ورودي داشته که در حال حاضر ورودي اصلي آن در جبهه جنوب شرقي قرار دارد و سر در آن احتمالاً متعلق به دوره صفوي است.
بناي تاريخي مسجد باباعبد الله در ابتدا به صورت گنبد مقبره اي دوره ايلخاني بوده و سپس مسجد در كنار آن توسعه يافته است .اين بناي تاريخي به صورت مسجد دو ايوانه بوده كه پس از عبور از ورودي اصلي به صورت غير مستقيم به سمت چپ و راست به داخل صحن يا حياط وارد گرديده و در قسمت سمت چپ حياط به صورت طاقنما بوده و در سمت راست آن پشت طاقنماها شبستاني قراردارد كه به عنوان شبستان زمستانه استفاده مي شده است . مسجد باباعبدالله در اواخر قرن هفتم و يا اوايل قرن هشتم هجري ساخته شده است .كه كتيبه اي متعلق به سال 700 هجري در آن وجود دارد . اين مسجد در كوچه اي كه به فاصله اندكي از راسته بازار متصل مي شود جاي گرفته است . همان طور كه ذكر شد مسجد داراي يك گنبدخانه اي مرتفع و عظيم است كه در انتهاي جبهه قبله قراردارد .در اين گنبد خانه تعدادي قبور متعلق به بزرگان و عرفاي زمان ايلخانان وجود دارد .كه برروي قبور با گچبريها و آيات قرآني نقر شده است . درسه كنج هاي ايجاد شده در گوشه هاي گنبد تزئينات معماري به صورت مقرنس ديده مي شود . در قسمت بالاي محراب داخل گنبد نيز نقوش هندسي و گياهي توأم ، با كتيبه هاي قرآني ديده مي شود .
اين اثر تاريخي به عنوان يكي از مهمترين آثار ارزشمند نائين است كه براساس كتيبه سمت چپ آن ،تاريخ ساخت اين منبر متعلق به 711 هجري يعني حدودا" 700 سال پيش مي باشد . دراين كتيبه قيد شده استاد و سازنده اين منبر استاد شاه محمود كرماني بوده و شخصي به نام ملك التجار واقف و تأمين كننده هزينه هاي آن بوده است . ازنظر فني اين منبر ويژگي خاصي و بسيار مهمي داشته وآن اينكه منبر مذكور بدون استفاده يك دانه ميخ فلزي ساخته شده است .يعني درساخت آن از تكنيك چفت و بست يا كام و زبانه استفاده شده است. البته دردوره هاي بعدي ميخ ها و بستهاي فلزي به آن افزوده شده و آن هم به دليل استحكام بخشي اين اثربوده است . منبر مسجد جامع نائين از قسمتهاي مختلفي از جمله مقصوره منبر ، محلي كه درآن واعظ يا سخنران قرار مي گيرد ساخته شده كه ساخت آن به صورت نمادين يا سمبليك بوده و مانند تاجي بربالاي منبر قرارگرفته است .
مسجد جامع تاريخي محمديه در محله محمديه شهر نائين در ميدان بالاي اين محل متعلق به قرون چهارم ويا پنجم هجري است . اين مسجدبه صورت دوايوانه بوده با صحن يا حياط در مركز و رواقها دراطراف ساخته شده است. در قسمت جبهه قبله رواق به صورت عميق بوده و گنبدي كوچك آجري بر بالاي محراب ساخته شده است . در دوسمت اضلاع شمال و جنوب حياط ، رواقها به صورت دواشكوبه ساخته شده كه احتمالا" از قسمتهاي بالا جهت استفاده براي خانمها ساخته شده است . در سمت چپ و درست روبروي ورودي اصلي به صحن راه پله اي قرارداشته كه پس از عبور از آن به پاياب قناتي كه جهت وضوخانه ساخته شده مي رسيم كه هنوز پاياب مذكور و قنات آن فعال و مورد استفاده مي باشد .
مسجد بافران در روستاي بافران از توابع نائين واقع گرديده است .روستاي بافران در هشت کيلومتري جنوب شرق نائين قراردارد . بناي اصلي مسجد براساس شواهد موجود احتمالا´مربوط به قرن چهارم تا ششم هجري - قمري مي باشد . مناره مدور خشتي آن در دوران سلجوقي بنا شده است .تنها تاريخ موجود در بنا متعلق به سال 926 هجري- قمري است . اين مسجد تقريباً مرکزيت بافت قديم روستا و براساس الگوي مساجد چهارايواني بنا گرديده است .و در دو ضلع شمال و غرب آن دو ساباط که نقش پشتبند بنا را بر عهده دارد اين بنا شامل فضاهائي همچون صحن – شبستان و رواق مي باشد .
اين مسجد يكي ار قديمي ترين مساجد نايين و حتي ايران است كه در محله پادرخت محمديه با فاصله 200 متري از مركز محمديه قرار دارد. اين مسجد احتمالا متعلق به دوره صفويه بوده و از ويژگي هاي آن وجود گنبدي زيبا و درب منبت كاري شده ي بسيار زيبا و نفيس به تاريخ 997 هجري مي باشد.
معرفي مسجد سركوچه محمديه اين بناي تاريخي درمحله محمديه يكي از محلات قديم شهر نائين واقع شده است. مسجد سركوچه محمديه متعلق به قرون اوليه هجري بوده كه بيش از يك هزارسال قدمت دارد و از نظر شكل و پلان كاملا\" بامساجد ديگر متفاوت بوده و اين يكي از ويژگيهاي مهم بناي مذكور مي باشد. اين بنا فاقد صحن يا حياط بوده، پلان آن به صورت مستطيل شكل يا گنبدي در مركز ساخته شده است . از ويژگيهاي مهم بناي تاريخي مسجد سركوچه محمديه كتيبه هاي كوفي متعدد در قسمت فوقاني ديوارها و گنبد مسجد بوده كه كل كتيبه هاي آن بارنگ لاجوردي روي گچ و باخط كوفي ترسيم شده كه قسمت ساقه گنبد كوچك آن آيه 18 سوره توبه ترسيم شده است . در قسمتي ازمسجد نام عشره مبشره به اضافه بسم الله الرحمن الرحيم نمايان است . روبروي محراب تاريخ كتيبه ها به خط عربي به سال 469 هجري قمري ديده مي شود .